Anh là con trai của Henry Richardson Labouisse, Sr và vợ Frances Devereux Huger Labouisse. Tên tiếng Pháp Labouisse là do tổ tiên Cajun của ông.

Sau khi hành nghề luật sư ở New York, ông làm việc ở châu Âu cho Kế hoạch Marshall, sau khi kết thúc Chiến tranh thế giới thứ hai, tại Đại sứ quán Hoa Kỳ ở Pháp từ 1951 đến 1954, trước khi được bổ nhiệm Giám đốc cứu trợ của Liên Hợp Quốc và làm việc của LHQ cho Palestine tị nạn trong vùng Cận Đông (UNRWA - cứu trợ của Liên Hợp Quốc và các công trình cơ quan cho Palestine tị nạn ở vùng Cận Đông).

Vào những năm 1960, ông là giám đốc của Cơ quan Điều hành Hợp tác Quốc tế Hoa Kỳ, sau đó là Đại sứ Hoa Kỳ tại Hy Lạp (1962-1965), trước khi trở thành Giám đốc Điều hành của UNICEF từ tháng 6 năm 1965 (và cho đến khi vào tháng 12 năm 1979).

Chính sách của Henry Labouisse tại UNICEF dựa trên khái niệm rằng "sự thịnh vượng của trẻ em ngày nay không thể tách rời khỏi hòa bình trong thế giới ngày mai". Henry Labouisse đã đóng góp rất lớn cho sự nghiệp nhân đạo, bằng nhiều chuyến đi ra nước ngoài.

Ông đã nhận được giải thưởng Nobel Hòa bình thay mặt cho UNICEF vào ngày 10/12/1965.

Vào ngày 29 tháng 6 năm 1935, ông kết hôn với Elizabeth Scriven Clark, người mà ông có một cô con gái, Anne, và qua đời năm 1945. Năm 1954, ông kết hôn với Ève Curie, con gái của giải thưởng Nobel Vật lý nổi tiếng Pierre Curie và Marie Curie.